Selanjutnya, ada Perang Paregreg yang terjadi selama dua tahun, yakni dari 1404 sampai 1406. Perang ini terjadi antara istana barat Majapahit pimpinan Wikramawardhana dengan istana timur Majapahit yang dipimpin oleh Bhre Wirabhumi.
Perang Paregreg dimulai dari pemberontakan yang dilakukan Bhre Wirabhumi, yang kemudian menjadi salah satu faktor kemerosotan Majapahit. Dalam artikel karya Soeroso bertajuk ‘Bhattara Narapati’, Perang Paregreg berujung pada hancurnya kerajaan timur dan tewasnya Bhre Wirabhumi.
Dalam Pararaton, disebutkan bahwa Bhre Wirabhumi dibunuh pada tahun 1406 ketika sedang melarikan diri dengan perahu. Kepalanya dipenggal, dan dibawa kembali ke Majapahit.
Kerajaan Mataram pernah mengalami perang saudara yang terjadi usai Panembahan Senopati wafat pada tahun 1601. Hanyakrawati diangkat sebagai Raja Mataram yang baru, namun menimbulkan kekecewaan di benak Pangeran Puger yang merupakan kakak tiri Hanyakrawati.
Sebab, ia merasa yang paling pantas untuk memimpin Mataram. Mengetahui sang kakak kecewa, Hanyakrawati memberikan jabatan sebagai Adipati Demak kepada Puger. Merasa tidak puas, Puger melakukan pemberontakan dan ingin Demak lepas dari wilayah Mataram.