Namun demikian, berdasarkan laporan masyarakat, KLH memutuskan untuk menghentikan sementara operasi untuk mengevaluasi lebih lanjut dampak kegiatan tambang terhadap kawasan wisata Raja Ampat yang sangat sensitif secara ekologis.
PT KSM diketahui membuka tambang di luar kawasan izin lingkungan dan di luar wilayah PPKH seluas 5 hektare di Pulau Kawe. KLH menyebut aktivitas perusahaan ini menyebabkan sedimentasi di pesisir pantai, berdampak langsung pada kerusakan ekosistem laut.
Akibat pelanggaran tersebut, PT KSM akan dikenai sanksi administratif berupa pemulihan lingkungan, dan tidak menutup kemungkinan menghadapi gugatan perdata. Meski demikian, hingga kini, izin tambangnya belum dicabut secara resmi.
PT Mulia Raymond Perkasa (MRP) menjadi perusahaan dengan pelanggaran terberat karena beroperasi tanpa dokumen lingkungan dan tanpa PPKH. Perusahaan ini melakukan eksplorasi pada 10 titik pengeboran di Pulau Batang Pele yang tergolong pulau kecil.
Seluruh kegiatan eksplorasi telah dihentikan KLH. Pemerintah tengah mempertimbangkan langkah hukum lanjutan terhadap PT MRP karena aktivitasnya sepenuhnya ilegal dan melanggar prinsip kehati-hatian lingkungan.