Gereja Portugis termasuk gereja bangsal (hall church). Gereja ini membentuk satu ruang panjang dengan tiga bagian langit-langit kayu yang sama tingginya dan melengkung seperti setengah tong. Langit-langit itu disangga enam tiang.
Di bagian dalam, beberapa kursi berukiran bagus dan bangku dari kayu hitam atau eboni masih juga dipakai. Dilengkapi meja kayu, kursi-kursi itu dipakai untuk kepentingan rapat gereja. Tak ketinggalan acara sidang pencatatan sipil bagi anggota jemaat yang akan menikah secara gerejawi.
Ada mimbar unik bergaya Barok. Salah satu perabot asli gereja ini merupakan persembahan indah dari H. Bruijn. Letaknya ada di bagian belakang bersama bangunan tambahan. Mimbar ini bertudung sebuah kanopi, yang ditopang dua tiang bergulir dengan gaya arsitektur Ionia serta empat tonggak perunggu.
Selain itu, ada organ pipa gereja yang sampai sekarang masih terawat baik. Organ ini diletakkan di balkon yang disangga empat tiang langsing. Organ ini pemberian putri seorang pendeta bernama John Maurits Moor ini terakhir kali dipakai pada 8 Oktober 2000.