Iran membalas serangan Israel dengan mengincar target-target militer dan intelijen, menyebabkan kerusakan parah. Bukan hanya itu, Iran juga menyerang pangkalan militer AS di Al Udeid, Qatar, sebagai pembalasan.
Perang berakhir pada 24 Juni setelah berlangsung 12 hari, melalui gencatan senjata yang dimediasi oleh AS dan Qatar.
Sebelumnya Iran juga mengeksekusi mati beberapa warganya atas tuduhan menjadi mata-mata Mossad yakni memberikan informasi mengenai target-target penting, termasuk keberadaan para ilmuwan nuklir. Selain itu Iran menangkap ratusan orang rekrutan Mossad di beberapa provinsi atas tuduhan akan membuat kerusuhan di Teheran.