Namun Mesir dan Suriah berpisah pada 1961 yang dampaknya juga mengubah bendera yakni pada 1963 seiring dengan berkuasanya Partai Baath.
Sementara itu bendera rezim Assad dengan garis merah, putih, hitam, dengan dua bintang hijau di garis putih, digunakan sejak 1980.
Warna merah melambangkan darah yang tertumpah dalam revolusi untuk kebebasan warga Suriah, sedangkan putih melambangkan masa depan yang damai. Bintang hijau di tengah melambangkan Suriah dan Mesir, dua negara pendiri Republik Arab Bersatu, serta dan hitam melambangkan penindasan yang dialami oleh orang Arab.
Sementara warna hijau pada bendera yang baru melambangkan persatuan Arab.