Marcopolo juga sempat menjalin hubungan persahabatan dengan Kubilai Khan sebelum kembali ke Eropa. Dia tak kembali dengan tangan hampa, melainkan membawa surat yang meminta Paus saat itu untuk mengirim 100 orang cerdas untuk Kublai Khan. Mereka juga membawa hadiah dan minyak dari lampu yang menyala di Makam Suci Yerusalem.
Marcopolo berusia 15 atau 16 tahun saat ayah dan pamannya pulang. Setelah itu Paus Clement IV meninggal. Niccolo dan Maffeo tetap tinggal di Venesia sambil menunggu pemilihan Paus baru, Namun pada 1271 atau setelah menunggu 2 tahun, mereka kembali menjelajah bersama Marcopolo dengan tujuan Mongol.
Di perjalanan mereka singgah di Acre (sekarang Israel). Di sana, dua utusan Paus, Teobaldo dari Piacenza, menitipkan surat kepada mereka untuk diberikan ke kaisar Mongol. Namun di perjalanan mereka mendapat kabar bahwa Paus meninggal dan posisinya digantikan oleh Teobaldo yang digelari Paus Gregory X.
Dalam perjalanan ke Asia mereka singgah di Teluk Iskenderun, juga disebut Teluk Alexandretta, di tenggara Turki. Selama awal 1272, mereka melewati Erzurum, wilayah yang sekarang menjadi Turki timur, dan Tabriz, wilayah yang sekarang menjadi Iran utara.
Kemudian menyeberangi gurun sebelum mencapai Hormuz di Teluk Persia. Di sana, keluarga Marcopolo memutuskan untuk tidak mengambil risiko melalui jalur laut ke India dan sekitarnya karena banyak perampok, melainkan melanjutkan perjalanan melalui darat ke ibu kota Mongolia.