Salah satu pemicu utama konflik adalah penolakan Harvard terhadap daftar tuntutan pemerintah untuk menghapus program-program yang dinilai terlalu “pro-keberagaman,” termasuk kursus studi ras dan gender, serta inisiatif keberagaman fakultas.
Pemerintah menganggap program tersebut sebagai bentuk indoktrinasi ideologi liberal yang bertentangan dengan nilai-nilai Amerika. Harvard justru mempertegas komitmennya pada keberagaman dan menyebut program tersebut sebagai inti dari misi pendidikan inklusif.
Pemerintahan Trump menuding Harvard gagal menindak keras para mahasiswa yang terlibat dalam demonstrasi pro-Palestina di kampus. Pemerintah menyebut aksi-aksi tersebut mengarah pada antisemitisme. Namun Harvard mempertahankan bahwa demonstrasi adalah bagian dari kebebasan berekspresi mahasiswa, selama berlangsung damai.
Sebagai respons terhadap berbagai tekanan tersebut, Harvard melayangkan gugatan terhadap pemerintah federal, menuduh pelanggaran terhadap Konstitusi Amerika Serikat, khususnya hak atas kebebasan akademik dan prinsip non-diskriminasi. Gugatan ini masih berlangsung dan berpotensi menjadi kasus besar di Mahkamah Agung.