Pada 1911, Qing menasionalisasikan semua jalur kereta api utama yang mengundang amarah warga lokal. Kemudian, pemberontakan dengan senjata terjadi di Sichuan. Tak lama dari insiden tersebut, kelompok revolusioner lainnya di Wuhan memulai pemberontakan lain yang tanpa diduga berhasil meruntuhkan pemerintah provinsi saat itu. Keberhasilan revolusioner lokal di Wuhan itu mendapat perhatian dari Yat Sen.
Saat itu, dia berada di Denver, Colorado. Desember di tahun yang sama, ia kembali ke Shanghai dan terpilih sebagai presiden sementara kala itu melalui delegasi di Nanjing. Dengan rezimnya yang lemah, ia membuat kesepakatan dengan Yuan Shi Kai, menteri kekaisaran yang kekuasaan penuh oleh istana dipercayakan kepadanya. Pada 1912, kaisar turun tahta, diikuti Yat Sen yang mengundurkan diri, dan dua hari setelah kaisar turun, Yuan Shi Kai terpilih menggantikan posisi Yat Sen sebelumnya.
Di tahun yang sama, Yuan menunjuk Yat Sen menjadi direktur jenderal pengembangan kereta api yang membangkitkan revolusi kedua di mana Yuan ditentang Yat Sen. Ketika kampanye untuk aksi protesnya gagal, lagi-lagi ia melarikan diri ke Jepang. Di sana, ia mencari bantuan dari Jepang dengan menjanjikan konsesi besar dari China juga mengasingkan kaum revolusioner lainnya dengan meminta mereka bersumpah setia kepadanya. Ia juga mendapat hujatan karena menikahi sekretarisnya, Song Qing Ling pada 1915 tanpa menceraikan istri pertamanya.
Dua tahun sesudahnya, Yat Sen pergi ke Guangdong untuk melancarkan aksinya dalam melawan perdana menteri, Duan Qirui. Juli 1918, dia terpilih sebagai generalis dari rezim separatis yang membuatnya harus mengundurkan diri dari gerakan-gerakan lainnya di Guangdong dan pergi ke Shanghai. Bersamaan dengan itu, kehormatan dan dukungan dari penguasa militer Guangdong, Lu Rong Ting, hilang terhadap Yat Sen.
Dengan ini, Yat Sen menunjuk Chen Jing Ming sebagai komandan dan mengirim anak buahnya ke Fujian. Ia juga membujuk Chen untuk melawan Lu, tapi Chen menolak dan justru melawannya balik. Lagi-lagi, ia terpaksa kembali ke Shanghai mencari tempat berlindung dan pasukan. Rupanya, ia berhasil mendapatkannya dari Guangxi dan Yunnan. Dengan itu, ia kembali ke Guangzhou membawa pasukan. tahun 1923, ia mengangkat dirinya sendiri sebagai generalis rezim baru.