Pada 1900, terjadi banyak kekacauan. Yat Sen lagi-lagi ingin menjangkau Li Hong Zhang, dan menyerukan protesnya untuk segera mendeklarasikan kemerdekaan dan lepasnya bangsa mereka dari dinasti Qing. Pihak Li mengundangnya datang menghampirinya, tapi ia waspada akan undangan tersebut yang ternyata jebakan. Dengan itu, ia meminta Miyazaki mewakilinya dan pergi ke Hong Kong bersama dua orang Jepang lainnya, tapi tidak membawa hasil apa-apa.
Sebelum keberangkatan Miyazaki, Yat Sen menghubungi para bandit dan perkumpulan rahasia Guangdong untuk mengerahkan kekuatan mereka dalam melaksanakan pemberontakan yang diadakan Yat Sen di Huizhou. Pemberontakan itu berlangsung selama 12 hari lamanya.
Sejak saat itu, pengikut Yat Sen semakin ramai, mulai dari pelajar, kelompok bergengsi sampai orang-orang berpengaruh di China. Dukungan terhadapnya saat itu juga didasari oleh runtuhnya dinasti Qing dan propaganda kuat dari Liang Qi Chao, seorang pejuang reformasi yang sempat melarikan diri ke Jepang pada 1898 dan pendiri pers China. Citra Yat Sen di kalangan pelajar termasuk pelajar China yang berada di luar negeri terus meningkat. Tahun 1904, ia mendirikan beberapa organisasi revolusioner di Eropa dan menjadi kepala koalisi revolusioner, Liga Persatuan atau Tong Meng Hui di Tokyo.
Meningkatnya nama Sun Yat Sen membuatnya memperoleh banyaknya kesulitan. Di Liga Persatuan yang organisasinya terbilang longgar, ia tidak memiliki kendali atas para anggotanya. Terlebih, aksi-aksi protes dan pemberontakan yang diaturnya berakhir dengan kegagalan. Anggotanya banyak yang putus asa dan aliran keuangan investor menurun. Banyak pemerintah asing yang menjauhi Yat Sen. Pada 1907, pemerintah Jepang memberikan sejumlah uang dan memintanya meninggalkan Jepang.
Karena kehadirannya di Asia menjadi tabu, Yat Sen menghabiskan satu tahun mengasingkan diri dan berkeliling di Eropa dan Amerika Serikat. Pada 1910, dia kembali ke tanah airnya dan pergi lagi setelah pertemuan dengan kaum revolusioner lainnya, di mana bahasan mereka hanyalah upaya yang besar untuk merebut Guangzhou. Di Kanada dan Amerika Serikat, Yat Sen berkeliling mencari dana dan sebagainya untuk mendukung aksi-aksinya di masa depan.