Biaya pembangunannya mencapai Rp30 miliar. Sementara bangunan pelengkap kompleks RSI menelan biaya sekitar Rp7,5 miliar dan untuk alat kesehatan serta peralatan lainnya sebesar Rp65 miliar.
Dikutip dari situs MER-C, pembangunan tahap pertama struktur RS Indonesia di Gaza selesai pada akhir April 2012. Pembangunan tahap 2 dimulai pada 1 November 2012 yang diawasi dan dikerjakan langsung oleh relawan Indonesia tergabung dalam Divisi Konstruksi MER-C.
RS Indonesia di Gaza selesai dibangun pada 2015. Penyerahan secara simbolis rumah sakit Indonesia di Gaza dilakukan di Taman Ismail Marzuki (TIM), Jakarta Pusat, Sabtu (9/1/2016) malam oleh Wakil Presiden Indonesia yang saat itu dijabat Jusuf Kalla. Sementara Pemerintah Palestina diwakili oleh Menteri Kesehatan Palestina Jawad Awwad dan masyarakat Indonesia diwakili Presidium MER-C.
JK saat itu menyampaikan, keberadaan rumah sakit tersebut menunjukkan besarnya perhatian masyarakat Indonesia untuk Palestina. RSI di Gaza akan menjadi tonggak yang diingat masyarakat dunia, khususnya Palestina.
Tanah RS Indonesia di Gaza seluas 16.261 meter persegi merupakan wakaf dari pemerintah Palestina di Gaza. MER-C mendapat surat tanah wakaf untuk RSI dari PM Palestina Ismail Haniya pada 3 Mei 2009.
Setelah data tanah lengkap dan seluruh disain RSI disetujui oleh Kemenkes Gaza, maka pada tanggal 2-3 Februari 2011 MER-C mengumumkan tender pembangunan tahap 1. Selanjutnya pada 28 April 2011, kontraktor First Company ditetapkan sebagai pemenang tender dan pembangunan RSI dimulai 14 Mei 2011.