Dari pernikahannya mereka dikaruniai seorang putra bernama Muhammad Angga Hadi Farhat pada 10 Oktober 2003. Seiring berjalannya waktu, rumah tangganya keduanya mulai diterpa cobaan. Dua tahun menikah, Nia harus bertahan menghadapi cobaan dan isu miring rumah tangganya.
Tak berhenti disitu, nasib rumah tangga mereka kian diujung tanduk. Pasalnya, Farhat pernah minta izin untuk poligami dan tidak dikabulkan oleh Nia pada 2005. Lantaran itu, Farhat menjatuhkan talak kepada penyanyi sekaligus aktris tersebut. Saat itu mereka masih tinggal serumah walau sudah pisah ranjang. Polemik tersebut berlangsung selama 7 tahun dan akhirnya Nia mengajukan gugat cerai terhadap Farhat. Pada 4 Juni 2014, Nia Daniaty dan Farhat Abbas resmi mengakhiri hubungan rumah tangganya.
Kini, di usianya yang ke-57 tahun, Nia tampaknya menikmati masa-masa menjadi seorang ibu sekaligus nenek. Itu terlihat dari postingan di media sosialnya, di mana Nia kerap membagikan momen-momen akrabnya bersama cucu perempuannya, Shaakila. Shaakila merupakan anak dari Olivia Nathania, putri sulung Nia dengan suami pertamanya,