Sekitar jam 3 sore, aparat masuk ke Atma Jaya. Ada korban yang jatuh, Wawan ngasih tahu, 'Pak, itu ada korban. Boleh ditolong atau tidak?'. Tentara itu mengatakan, 'Boleh, silakan'. Kemudian Wawan mengeluarkan bendera putih, dilambai-lambaikan. Tetapi pada saat Wawan akan mengangkat korban, justru Wawan ditembak.
Banyak orang mengatakan dari pagi Wawan menggunakan ID card Tim Relawan untuk Kemanusiaan, dan Wawan diautopsi oleh Dr. Budi Sampurno. Wawan meninggal dunia karena ditembak dengan peluru tajam standar militer di dada sebelah kiri mengenai jantung dan parunya. Dan menurut kesaksian juga bahwa Wawan ditembak oleh aparat di halaman kampusnya ketika sedang menolong seorang korban yang juga ditembak oleh aparat. Setelah Wawan meninggal dunia, hari Jumat 13 November ’98 Wawan ditembak, hari Sabtu Wawan dimakamkan.
Pulang dari makam ada wartawan bertiga begitu, di rumah sunyi. Kemudian saya bilang, 'Saya akan berhenti bekerja. Saya tidak sanggup untuk bertemu dengan orang.'
Saya sangat mencintai Wawan, kami sekeluarga mencintai Wawan. Tapi duka cita saya bertransformasi pada cinta terhadap sesama.
Dengan memperjuangkan agar kasus-kasus pelanggaran HAM berat yang terjadi di Indonesia ini. Dipertanggungjawabkan sesuai dengan undang-undang yang berlaku, yaitu Undang-Undang Nomor 26 tahun 2000 tentang pengadilan HAM untuk mewujudkan agenda reformasi yang ketiga yang diperjuangkan oleh Wawan dan kawan-kawannya yaitu tegakkan supremasi hukum.