BPWS dibentuk berdasarkan Peraturan Presiden 27 Tahun 2008 yang secara struktural terdiri atas Dewan Pengarah dan Badan Pelaksana. Badan Pelaksana BPWS (Bapel BPWS) memiliki tugas dan fungsi untuk melaksanakan pengelolaan, pembangunan dan fasilitasi percepatan kegiatan pembangunan wilayah Suramadu.
Kegiatan ini dilaksanakan di 2 lokasi yakni Kawasan Kaki Jembatan Sisi Madura (KKJSM) dan kawasan khusus di utara Pulau Madura masing-masing seluas 600 hektare.
KKJSM dikembangkan untuk mendorong perkembangan ekonomi, sedangkan kawasan khusus di utara Pulau Madura untuk pengembangan kawasan Pelabuhan Peti Kemas.
Pengalihan aset BPWS ke Kementerian PUPR ini berdasarkan pada Peraturan Presiden Nomor 112 Tahun 2020 Tentang Pembubaran Dewan Riset Nasional, Dewan Ketahanan Pangan, Badan Pengembangan Wilayah Surabaya-Madura, Badan Standardisasi dan Akreditasi Nasional Keolahragaan, Komisi Pengawas Haji Indonesia, Komite Ekonomi dan Industri Nasional, Badan Pertimbangan Telekomunikasi, Komisi Nasional Lanjut Usia, Badan Olahraga Profesional Indonesia, dan Badan Regulasi Telekomunikasi Indonesia.