Persebaran wilayah fauna Indonesia Timur meliputi Kepulauan Maluku dan Kepulauan kecil di sekitarnya, serta Papua dan sekitarnya.
Beberapa jenis fauna yang hidup di wilayah Fauna Indonesia Timur di antaranya.
-Mamalia, terdiri atas kanguru, walabi, beruang, nokdiak (landak Irian), oposum laying, kuskus, kanguru pohon, dan kelelawar.
-Reptilia, terdiri atas buaya, biawak, ular, kadal, dan kura-kura.
-Amfibi, terdiri atas katak pohon, katak terbang dan katak air.
-Burung, terdiri atas nuri, raja udang, cendrawasih, kasuari dan namudur.
Umumnya, faktor-faktor yang mempengaruhi persebaran flora dan fauna adalah sebagai berikut, dikutip dari buku `Supertrik Kisi-Kisi UN` penerbit Grasindo.
1. Iklim (Klimatik)
Keadaan iklim sangat mempengaruhi persebaran flora dan fauna pada suatu wilayah. Unsur-unsur iklim yang menghambat persebaran adalah suhu, curah hujan, kelembapan udara dan angin.