Menurut Mbah Jinggo, di antara reruntuhan candi ini ditemukan archa kepala naga yang diduga sebagai penjaga candi.
"Penemuan kepala naga ini ada di tengah candi lokasinya. Penggalian situs ini dilakukan secara bertahap tiga kali," kata Mbah Jinggo.
Pusat Penelitian Arkeologi Nasional melakukan penelitian tahun 1977 dan berhasil menemukan lokasi struktur dari Candi Minak Jinggo. Temuan tersebut kemudian dieksekusi pada tahun 1988 dengan ekskavasi dan menampakkan sebagian bangunannya.
Usaha ekskavasi kemudian dilanjutkan oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya Trowulan (Sekarang BPCB Provinsi Jawa Timur) pada tahun 2007 dan menemukan fragmen terakota, mata uang kepeng, fragmen keramik dari Dinasti Yuan (1279 – 1368), fragmen miniatur rumah, genteng, fragmen relief serta arca katak yang terbuat dari batu putih.
Candi yang dibuat pada era Majapahit tersebut dibuatkan atap pelindung oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya Jawa Timur dan sebagian arca serta komponen candi dipindah ke PIM pada 2007, 2008 dan 2010.