Masjid yang pada saat pembangunannya dibiayai para jenderal di daerah menteng tersebut, berdiri di area seluas 9.920 meter persegi. Saat ini, Masjid Agung Sunda Kelapa hanya bisa menampung 50 persen dari 4.424 jamaah dikarenakan protokol kesehatan saat pandemi Covid-19. Terhitung 11 Juni 2020 saat surat resmi dari pemerintah Masjid Agung Sunda Kelapa menyeleggarakan sholat lima waktu dan sholat Jumat, begitu juga dengan shalat tarawih yang tidak mengadakan ceramah tarawih.
Saat melaksanakan kegiatan di dalam masjid pun seperti shalat harus berjarak satu meter dan membawa peralatan shalat sendiri, seperti sajadah karena seluruh karpet Masjid Agung Sunda Kelapa di gulung dan bagi jamaah yang ingin ke sana juga harus menaati protokol kesehatan 3M, seperti mencuci tangan, memakai masker dan mejaga jarak.
Untuk warga di sekitar Jakarta, Masjid Agung Sunda Kelapa bisa menjadi destinasi wisata religi guna menghilangkan penat di tengah pekerjaan sekaligun meningkatkan keimanan dan memperdalam pengetahuan agama Islam dengan beribadah di masjid.