Peluang Pratiwi untuk terbang ke luar angkasa benar-benar kandas hingga krisis moneter melanda Indonesia pada 1997. Karena, tak ada lagi dana membiayai program latihan astronot Indonesia.
Pascabatal terbang, Pratiwi kemudian mengabdikan diri melakukan berbagai penelitian sekaligus menjadi staf pengajar di kampusnya. Berbagai penghargaan diterimanya seperti peneliti terbaik Universitas Indonesia (1988) dan gelar Widya Prasara dari Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia sebagai Ilmuwan Mikrobiologi Teladan (1986).
Dia juga pernah menjabat sebagai Ketua Departemen Mikrobiologi dan Wakil Dekan di Fakultas Kedokteran UI, tempatnya mengabdi tersebut. Pada 2008, Pratiwi dianggap sebagai Guru Besar/Profesor Kehormatan Ilmu Mikrobiologi Fakultas Kedokteran UI.