Dampak selanjutnya dari Siklon Tropis 99S adanya gelombang laut dengan ketinggian 1.25 - 2.5 meter di Selat Sumba bagian timur, Selat Sape, Laut Sumbawa, Perairan utara Sumbawa hingga Flores, Selat Wetar, Perairan Kep. Selayar, Perairan selatan Baubau - Kep.Wakatobi, Perairan Kep.Sermata - Leti, Laut Banda bag. utara, dan Laut Arafuru bagian barat.
Tak hanya itu gelombang laut dengan ketinggian 2.5 - 4.0 meter di Selat Sumba bagian barat, Laut Flores, Perairan selatan Flores, Perairan selatan P. Sumba, Laut Sawu, Selat Ombai, dan Laut Banda selatan bagian barat.
Dan terakhir, gelombang laut dengan ketinggian 4.0 - 6.0 meter di Perairan Kupang-Pulau Rotte, Samudra Hindia selatan NTT, dan Laut Timor selatan NTT.