Ketika SEA Games kembali diadakan di Indonesia pada 1987, tuan rumah sekali lagi masuk final. Namun, ketika itu akhirnya Timnas Indonesia sukses balas dendam ketika jumpa Malaysia dan menjadi juara untuk kali pertama, setelah melewati babak perpanjangan waktu dan menang 1-0.
Timnas Indonesia gagal mempertahankan gelar pada SEA Games 1989. Namun, skuad Merah-Putih mampu membawa pulang medali emas, ketika mengalahkan Thailand pada final SEA Games 1991, lewat adu penalti.
Sayang, setelah itu Thailand mulai mendominasi. Timnas Indonesia lalu menjadi lawan pada SEA Games 1997 di Jakarta. Namun, mereka harus puas dengan medali perak.
Setelah itu, Timnas Indonesia absen dari final SEA Games selama beberapa edisi. Baru pada 2011 di Jakarta, skuad Garuda Muda kembali memperebutkan medali emas. Sayang, mereka harus mengakui ketangguhan Malaysia lewat adu penalti.
Peluang untuk merebut medali emas datang pada SEA Games 2012. Meski demikian, akhirnya Timnas Indonesia kembali harus puas dengan medali perak, usai kalah dari Thailand dengan selisih tipis, 0-1.