Namun pada usia 16 tahun, klub lokalnya NK Trnje mulai membayarnya untuk jasanya. Terpaksa, dia meninggalkan basket untuk memfokuskan waktu dan energinya pada sepak bola.
Setelah berkarier di klub-klub liga bawah Kroasia, Bojan Hodak mulai merantau ke Asia. Dia bergabung dengan klub Singapura Balestier Central pada 1997. Tahun berikutnya dia hijrah ke klub Singapura lainnya, Jurong, sebelum hijrah ke Hong Kong Rangers.
Pada 2000, Bojan Hodak kembali ke Jurong selama semusim, sebelum akhirnya mudik ke Trnje dan pensiun di sana pada 2002.
Tak ada catatan mentereng saat dirinya sebagai pemain. Namun, tinta emas mulai ditorehkannya saat dia beralih menjadi pelatih.
Mengawalinya di klub Malaysia, UPB My Team, Bojan Hodak menorehkan namanya dengan tinta emas di sepak bola Asia Tenggara.