Namun, sebagai pelatih, pria 48 tahun itu bisa dibilang minim pengalaman. Dari CV yang dimilikinya sebagai pelatih, tak ada prestasi yang bisa dibanggakan.
Karier kepelatihannya dimulai dengan menjadi asisten pelatih klub Belanda AZ Alkmaar pada Juli 2008. Kemudian, dia juga pernah menjadi asisten pelatih klub Australia, Brisbane Roar, di bawah kepemimpinan Pelatih Ange Postecoglou pada Januari 2010. Setelah itu, dia juga sempat menjadi asisten pelatih NEC Nijmegen pada 2010-2011.
Setahun kemudian, dia menukangi klub junior, Jong Twente, pada 2011-2012 di mana dia menjuarai Beloften Eredivisie 2011–2012, kompetisi untuk tim cadangan. Setelah itu, Kluivert diboyong Louis van Gaal menjadi asisten pelatihnya di Timnas Belanda pada 2012-2014.
Selepas di De Oranje, Kluivert akhirnya menjadi pelatih kepala di Timnas Curacao pada 5 Maret 2015 untuk Kualifikasi Piala Dunia 2018. Di tangannya, Curacao melalui dua babak kualifikasi pertama, mengalahkan Montserrat dan Kuba.
Pada tanggal 8 September 2015, Curaçao tersingkir di babak ketiga kualifikasi Piala Dunia 2018 setelah kalah agregat 0-2 dari El Salvador. Setelah membantu negara tersebut mencapai performa terbaik mereka di kualifikasi Piala Dunia, Kluivert mengumumkan pengunduran dirinya pada tanggal 10 September 2015.
Pada bulan Mei 2021, Kluivert kembali ke Timnas Curacao untuk menjadi pelatih sementara menggantikan Guus Hiddink yang terkena Covid-19.
Pada 30 Juni 2023, klub Turki Adana Demirspor mengumumkan penunjukan Kluivert sebagai manajer baru mereka dengan kontrak dua tahun. Namun, dia didepak klub tersebut pada 4 Desember 2023 setelah hanya meraih delapan kemenangan dari 20 pertandingan.