Emil tercatat mengawali kiprahnya di Timnas Italia saat membela U-15 pada 2012. Di tim muda Gli Azzurri asuhan Antonio Rocca tersebut ia mencatatkan 9 kali bermain.
Sejak saat itu Emil Audero masuk ke berbagai kelompok umur skuad Timnas Italia antara lain U-16, U-17, U-18, U-19, U-20 dan U-21. Ia sempat masuk skuad yang berlaga di EURO U-21 2019.
Namun mimpinya untuk membela Timnas senior Italia tidak kunjung terkabul. Gli Azzurri yang saat itu masih dibesut Roberto Mancini lebih memilih nama-nama kiper beken seperti Gianluigi Donnarumma, Alex Meret hingga Salvatore Sirigu.
Rupanya Emil kembali tidak masuk skuad Timnas Italia di Kualifikasi EURO 2024 melawan Makedonia Utara dan Ukraina. Sebab pelatih anyar Luciano Spalletti lebih memilih memasukkan nama-nama kiper Donnarumma (PSG), Meret (Napoli), Provedel (Lazio) dan Vicario (Spurs).
Jika dibandingkan keempat kiper tersebut Emil tampil kurang meyakinkan beberapa musim terakhir. Pada musim 2022-2023 ia hanya mampu mencatatkan 4 kali clean sheet dan kebobolan sebanyak 39 gol dari 25 laga Serie A Italia.