Sebelum musim 1996, dia pindah ke tim Ferrari dan menempati posisi ketiga dalam klasemen kejuaraan F1. Setelah mengalami patah kaki dalam kecelakaan pada tahun 1999, Schumacher bangkit untuk memenangkan kejuaraan ketiga pada tahun berikutnya, yakni musim 2000. Itu merupakan gelar pembalap pertama di Ferrari sejak 1979.
Bersama Ferrari, ia memenangkan lima gelar juara dunia berturut-turut dari tahun 2000 hingga 2004. Ia muncul sebagai pemecah rekor karena saat itu gelar ke-6 dan ke-7 belum pernah terjadi dalam sejarah balap F1 sebelumnya. Rekor 50 tahun terakhir sebelumnya dipegang oleh Juan Manuel Fangio yang mengoleksi 5 gelar juara.
Schumacher pensiun pada akhir kampanye 2006 untuk menjadi test driver serta penasihat Ferrari. Pada saat pensiun, ia memiliki 91 kemenangan balapan F1 Grand Prix, yang memecahkan rekor sebelumnya yakni 51 yang dipegang oleh pembalap Prancis, Alain Prost.
Pada bulan Desember 2009 Schumacher mengumumkan bahwa ia akan kembali ke F1 untuk musim 2010 sebagai pembalap untuk tim Mercedes.
Dia menghabiskan tiga musim bersama Mercedes, tetapi dia tidak pernah memenangkan balapan dan tidak pernah finis lebih tinggi dari kedelapan di klasemen F1 secara keseluruhan selama comeback-nya. Hingga pada akhirnya, dia pensiun lagi pada tahun 2012.