Pada tahun 2015, ia kembali pindah dengan beralih ke Tim Ajo Motorsport dan mengendarai Kalex Moto2 dan berhasil memenangkan kejuaraan Moto2.
Musim berikutnya, ia masih Tim yang sama dan berhasil memenangkan gelar kedua berturut-turut di kelas Moto2. Zarco menjadi pembalap pertama yang memenangkan kejuaraan dua kali dalam kategori tersebut. Dia juga menjadi pembalap Prancis pertama yang memenangkan lebih dari satu kejuaraan di MotoGP.
Pada musim 2017, Zarco naik ke MotoGP dan menandatangani kontrak satu tahun dengan Monster Yamaha Tech 3 Team. Dia mendapat kali podium kedua yakni ketika di Perancis dan Valencia. Selain itu, pembalap Rookie tersebut mendapatkan satu kali tempat ketiga saat di Grand Prix Malaysia. Sementara saat di GP Belanda dan Jepang ia memperoleh pole position.
Pada musim 2019, Zarco tetap di tim yang sama. Ia memperoleh dua kali podium kedua yakni saat GP Argentina dan GP Spanyol). Sama seperti tahun sebelumnya, ia mendapatkan posisi ketiga saat di GP Malaysia. Selain itu, ia mendapatkan dua pole position di Qatar dan Prancis.
Untuk musim 2019. ia menandatangani kontrak dua tahun dengan Tim KTM. Namun di tiga balapan terakhir, ia pindah haluan ke Tim LCR Honda.
Pada tahun 2020 ia membalap dengan Ducati Desmosedici dari Avintia Racing Team, ia mendapat tempat ketiga di GP Republik Ceko dalam balapan setelah start dari pole position.
Selanjutnya pada musim 2021 dan 2022, ia bergabung dengan Pramac Racing dan masih menunggangi Ducati. Jika ditotal sejak di Moto2 pada tahun 2012, Johann Zarco telah pindah tim sebanyak 9 kali dengan rata-rata hampir satu kali pindah tim setiap musimnya. Itulah profil biodata Johann Zarco sebagai pembalap MotoGP yang sering sekali pindah tim.