Memasuki game kedua, laga kembali berjalan ketat. Namun begitu, Jonatan masih bisa menguasai jalannya pertandingan. Bahkan Jonatan, sempat unggul 8-6 di awal game kedua.
Setelah itu, permainan agresif ditunjukkan Jonatan dan terus mendulang perolehan poin. Interval game kedua, pemain berusia 27 tahun itu unggul cukup jauh 11-7.
Selepas interval, Shi Yu Qi sempat memberikan perlawanan. Akan tetapi, Jonatan berhasil meredam perlawanan tersebut dan kembali menguasai jalannya pertandingan.
Hingga akhirnya, Jonatan pun menuntaskan laga game kedua dengan kemenangan 21-16. Kemenangan tersebut mengantarkan Jonatan ke final sekaligus menyegel tiket lolos ke BWF World Tour Finals 2024.