Pada tahun 2012 Gus Yaqut diberi tanggung jawab yang lebih besar untuk menduduki jabatan Wakil Ketua DPW PKB Jawa Tengah (2012-2017).
Gus Yaqut semakin aktif dalam kancah organisasi masyarakat dan politik dengan melebarkan sayap organisasinya hingga pada tahun 2015 diberi tanggung jawab untuk memimpin organisasi sayap kepemudaan terbesar dan tertua di Indonesia yaitu GP Ansor sebagai Ketua Umum masa jabatan periode tahun 2015-2020.
Gus Yaqut dilantik menjadi Anggota DPR Periode 2014-2019 sebagai Pergantian Antar Waktu (PAW) menggantikan Hanif Dhakiri yang dilantik menjadi Menteri Tenaga Kerja di Kabinet Kerja Presiden Jokowi.
Pada Pemilu 2019, Gus Yaqut kembali lolos ke Senayan dan diberikan amanah sebagai Wakil Ketua Komisi II.
Selain nama Gus Yaqut, lima menteri baru lainnya yaitu Tri Rismaharini yang didapuk menjadi Menteri Sosial (Mensos) menggantikan Juliari Batubara.
Kemudian Sandiaga Salahuddin Uno sebagai Menteri Pariwisata dan Ekonomi Kreatif (Parekraf) menggantikan Wishnutama. Lalu Budi Gunadi Sadikin didapuk menjadi Menteri Kesehatan (Menkes) menggantikan dr Terawan.
Nama lainnya adalah Sakti Wahyu Trenggono sebagai Menteri Kelautan dan Perikanan (KKP) menggantikan Edhy Prabowo, dan Muhammad Lutfi menjadi Menteri Perdagangan (Mendag) menggantikan Agus Suparmanto.