Mereka menikah dan dikaruniai anak laki-laki bernama Sabrang Mowo Damar Panuluh yang merupakan vokalis band Letto. Namun pernikahan Cak Nun dan Neneng kandas.
Nama Cak Nun semakin berkibar setelah Pengurus Besar HMI mengundangnya untuk berpidato dalam Dies Natalis ke-29 di Semarang pada 5 Februari 1976.
Cak Nun menikah lagi dengan Novia Kolopaking yang menjadi istrinya sampai saat ini. Novia Kolopaking merupakan seorang seniman film dan penyanyi pada 1997. Mereka dikaruniai empat orang anak, yaitu Ainayya Al-Fatihah, Aqiela Fadia Haya, Jembar Tahta Aunillah dan Anayallah Rampak Mayesha.
Pada masa Orde Baru, sejak 80-an, Cak Nun termasuk salah satu tokoh masyarakat yang vokal dan kritis kepada Soeharto. Dia sering kali menempatkan diri dalam oposisi langsung melawan pemerintahan Orde Baru.
Menjelang kejatuhan pemerintahan Soeharto, Cak Nun merupakan salah satu tokoh yang diundang ke Istana Merdeka untuk dimintakan nasihat. Dia kemudian menyampaikan celetukan yang diadopsi Soeharto berbunyi 'Ora dadi presiden ora pathèken' (arti dalam bahasa Indonesia: Tidak Jadi Presiden Tidak Apa-Apa).