Tanggal 2 Oktober, Halim Perdana Kusuma diserang satuan RPKAD di bawah komando Kolonel Sarwo Edhi Wibowo atas perintah Mayjen Soeharto. Pada pukul 12.00 siang, seluruh tempat itu telah berhasil dikuasai TNI–AD.
Pada hari Minggu tanggal 3 Oktober 1965, pasukan RPKAD yang dipimpin Mayor CI Santoso berhasil menguasai daerah Lubang Buaya. Setelah usaha pencarian perwira TNI AD dan atas petunjuk Kopral Satu Polisi Sukirman yang sempat menjadi tawanan G30S PKI tetapi berhasil melarikan diri, mereka mendapat keterangan para perwira TNI AD tersebut di bawa ke Lubang Buaya.
Karena daerah tersebut diselidiki secara intensif, akhirnya pada tanggal 3 Oktober 1965 ditemukan tempat para perwira yang diculik dan dibunuh tersebut.
Mayat para perwira itu dimasukkan ke dalam sebuah sumur berdiameter ¾ meter dengan kedalaman kira-kira 12 meter yang kemudian dikenal dengan nama Sumur Lubang Buaya.
Pada 4 Oktober, penggalian Sumur Lubang Buaya dilanjutkan kembali (karena ditunda pada tanggal 3 Oktober pukul 17.00 WIB hingga keesokan hari) yang diteruskan pasukan para Amfibi KKO–AL dan disaksikan pimpinan sementara TNI AD Mayjen Soeharto.
Jenazah para perwira setelah dapat diangkat dari sumur tua tersebut terlihat mengalami kerusakan fisik sedemikian rupa. Ini menjadi saksi bisu bagi bangsa Indonesia betapa kejamnya siksaan yang mereka alami para pahlawan revolusi itu sebelum wafat.
Pada 5 Oktober, jenazah para perwira TNI AD tersebut dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata yang sebelumnya disemayamkan di Markas Besar Angkatan Darat. Lalu, pada 6 Oktober, dengan surat keputusan pemerintah yang diambil dalam Sidang Kabinet Dwikora, para perwira TNI AD tersebut ditetapakan sebagai Pahlawan Revolusi.