Gua Putri berada di sisi timur dengan panjang 5 meter dan kedalaman 4 meter dengan mulut gua yang masih alami. Sedangkan Gua Kakung yang berada di sisi barat memiliki panjang kurang lebih 5 meter dengan mulut sepanjang kurang lebih 2,5 meter ini terlihat seperti dibuat oleh tangan manusia.
Gua Putri ini menjadi tempat peristirahatan istri Pangeran Diponegoro, Raden Ayu Ratnaningsih bersama dayang dayangnya. Sedangkan Gua Kakung menjadi tempat istirahat dan meditasi bagi Pangeran Diponegoro, saat menjalani perang gerilya. Di tempat ini juga terdapat batu besar tempat Pangeran Diponegoro bersemedi, serta bekas penampungan air untuk wudhu sebelum menunaikan salat.
“Dalam legenda gua ini sebagai tempat persembunyian Pangeran Diponegoro setelah kediamannya di wilayah Tegalrejo Yogyakarta habis dibakar Belanda,” katanya pria yang menjadi keturunan Kyai Kentol, pengikut Diponegoro ini.
Menurutnya, kisah misteri Gua Selarong berkaitan erat dengan kesaktian Pangeran Diponegoro. Gua Selarong juga memiliki legenda yang tidak bisa dilihat dengan kasat mata oleh tentara Belanda. Bahkan tentara Belanda pernah akan menangkap Pangeran Diponegoro di tempat ini namun urung. Tentara Belanda hanya melihat gua dan bebatuan saja. Padahal di dalamnya ada Pengeran Diponegoro dan pengikutnya.
Dulu setiap malam Jumat Kliwon atau Selasa Kliwon masyarakat sekitar kerap mendengar suara gamelan gending Jawa. Gua ini juga menjadi tempat bermeditasi Pangeran Diponegoro dan tempat menempa ilmu kesaktian dari Kyai Secang dan Kyai Usrek.
Salah seorang pengunjung Purnomo mengatakan, tertarik datang karena butuh suasana hening. Dia ingin bermeditasi untuk mendekatkan kepada Sang Kuasa sesuai dengan tradisi Jawa.
“Tempat ini cukup sepi cocok untuk bermeditasi,” katanya.