Ketika Hanyokrokusuma masih menjalani tirakat, atas permintaan rakyat, wakil dari Pangeran Adipati Anom yaitu Pangeran Purboyo memerintahkan penghulu Ketegan untuk mencari Pangeran Hanyokrokusuma tersebut. Akhirnya ditemukanlah sang pangeran yang sedang bertapa di Gunungkidul. Dia kemudian dibawa pulang ke kerajaan.
Tak lama kemudian Sultan Agung akhirnya diangkat menjadi raja Kerajaan Mataram. Dia termasuk raja yang cerdik dan pandai. Hal ini membuat rakyatnya begitu menghormatinya. Bahkan dikisahkan makhluk halus serta jin takluk dan tunduk atas kekuasaannya. Negeri Mataram pun terkenal sebagai pelindung rakyat dari beragam penyakit.
Karena kebijaksanaan dan kewaskitaannya yang tinggi, konon setiap hari Jumat Sultan Agung dapat pergi sujud ke Makkah dengan secepat kilat. Sesudah 5 tahun memerintah, kerajaannya dipindahkan ke Kerta-Plered dan selanjutnya Kanjeng Sultan ingin memulai membuat makam di Pegunungan Girilaya yang terletak di sebelah Timur Laut Imogiri yang dipergunakan sebagai makam raja.