Pembangunanya juga menjadi rencana induk kereta api dengan penggunaan energi listrik sebagai penggerak efektif efisien dan ramah lingkungan. KAI telah membangun sarana dan prasarana KRL tersebut sejak 21 Juli 2020. Pembangunan dilakukan dari Stasiun Tugu Yogyakarta sampai Stasiun Balapan Solo.
Dalam pengoperasian KRL Yogyakarta-Solo secara penuh dilakukan pada akhir Desember 2020. Untuk tahap awal, kapasitas KRL ini 200 kursi untuk empat gerbong. Ke depan, kapasitas akan meningkat antara 800-1.000 kursi dengan 12 gerbong.
Kehadiran KRL dinilai sangat penting agar beban jalan raya bisa berkurang. "Program ini merupakan yang pertama kali di DIY karena daerah lain belum dibangun, karena melihat jalur Yogyakarta-Solo sangat potensial penumpangnya," ujar Zulkifli.