Pertempuran demi pertempuran dilakukan Hendropriyono walaupun pedih karena harus melawan anak didiknya. Awalnya pendekatan persuasif dilakukan dan sebagian menuai keberhasilan. Hanya saja, pasukan Kopassus juga kadang terpaksa menangkap dan menewaskan tokoh-tokoh gerilyawan Kalimantan jika langkah persuasif tidak berhasil.
"Masalahnya begini. Kita melatih PGRS, kewaspadaan Bung Karno dulu jangan sampai ini mengotori pasukan nasionalis. Karena PGRS kan dulu komunis, karena itu dibentuklah TNKU alias Tentara Nasionalis Kalimantan Utara untuk memisahkannya dengan komunis. Tapi latihannya bareng. INKU itu isinya RPKAD, isinya kita," ucap Hendropriyono.
Awalnya, TNKU dikomandani oleh Letjen Zulkifli. Hanya saja dua tahun kemudian, TNKU dipimpin oleh Ahmad Zaidi yang belakangan diketahui merupakan mata-mata Inggris.
"Pasca-PGRS, Ahmad Zaidi menjadi menteri besar di Sarawak, Malaysia. Kita melatih mereka dulu karena kampanye konfrontasi dengan Malaysia," kata Hendropriyono.
Mertua Panglima TNI Jenderal Andika Perkasa ini berhasil menangkap dan menumpas anggota PGRS, namun tidak Bong Khee Chok. Pimpinan PGRS tersebut baru keluar dari hutan pada November 1973 dan menandatangani perjanjian damai dengan pemerintah Malaysia.