Saat ini, Kopaska terbagi menjadi tiga Komando yakni, Satuan Komando Pasukan Katak Armada I di Pondok Dayung, Jakarta Utara; Satuan Komando Pasukan Katak Armada II di Surabaya; dan Satuan Komando Pasukan Katak Armada III di Sorong.
Tugas utama dari pasukan ini adalah peledakan/demolisi bawah air termasuk sabotase/penyerangan rahasia kekapal lawan dan sabotase pangkalan musuh, torpedo berjiwa (kamikaze), penghancuran instalasi bawah air, pengintaian, mempersiapkan pantai pendaratan untuk operasi amfibi yang lebih besar serta antiteror di laut/maritime counter terorism.
4. Paskhas
Korps Pasukan Khas TNI Angkatan Udara (Paskhas TNI AU) dengan nama sebutan lain Baret Jingga merupakan pasukan khusus yang dimiliki TNI AU.
Paskhas merupakan satuan tempur darat berkemampuan tiga matra, yaitu udara, laut, darat. Setiap prajurit Paskhas diharuskan minimal memiliki kualifikasi para-komando (Parako) untuk dapat melaksanakan tugas secara profesional, kemudian ditambahkan kemampuan khusus kematraudaraan sesuai dengan spesialisasinya.
Paskhas mempunyai Ciri Khas tugas tambahan yang tidak dimiliki oleh pasukan lain yaitu Operasi Pembentukan dan Pengoperasian Pangkalan Udara Depan (OP3UD) yaitu merebut dan mempertahankan pangkalan dan untuk selanjutnya menyiapkan pendaratan pesawat dan penerjunan pasukan kawan.