Salah seorang saksi, Marsigit (60), mengatakan pelaku masuk mengenakan jaket. Begitu melepas jaket langsung menyabetkan pedang dan mengenai petugas gereja. Pelaku kemudian masuk ke dalam gedung utama dan membacok jemaat yang ada di depannya. Termasuk Romo Prier yang ikut terkena sabetan pedang dan mengalami robek di kepala bagian belakang.
Pelaku berperawakan kecil, mengenakan kaus hitam dan penutup kepala, serta membawa tas punggung. Saat polisi datang, dia tetap melawan dengan mengayunkan pedagangnya. Hingga akhirnya ditangkap setelah ditembak di bagian kaki. “Dia ditembak karena berusaha menyerang polisi,” ucapnya.
Saat ini, petugas kepolisian sudah memindahkan tersangka dari RS UGM ke RS Bhayangkara Polda DIY. Pemindahan bertujuan agar proses pemeriksaan dan penyelidikan lebih mudah. Hingga kini belum diketahui pasti motif di balik penyerangan ini. Aksi pelaku mengakibatkan seorang pastur dan tiga jemaat, serta anggota kepolisian terluka saat mencoba mengamankan pelaku.