Pasukan Mataram lain dipimpin Pangeran Mandurareja pada Oktober 1628 dengan sebutan Pasukan Mataram II. Total ada 10.000 prajurit disiapkan Mataram. Perang besar antara Mataram melawan VOC di Holandia pun terjadi.
Kurangnya perbekalan membuat pasukan Mataram mengalami kehancuran. Sultan Agung dibuat marah dan mengirim algojo untuk menghukum mati Tumenggung Bahureksa dan Pangeran Mandurareja karena kedua pemimpin pasukan Mataram itu gagal menjalankan tugas.
Pada peristiwa itu, VOC menemukan 744 mayat prajurit Jawa yang sebagian besar tewas tanpa kepala. Para prajurit Mataram ini gagal di serangan pertama.
Kegagalan serangan pertama tak membuat Sultan Agung kapok. Dia melancarkan serangan keduanya dengan mengirim pasukan Mataram I di bawah komando Adipati Ukur pada Mei 1629 Masehi. Sementara pasukan Mataram II di bawah komando Adipati Juminah pada Juni 1629 Masehi. Total pasukan Mataram sebanyak 14.000 orang.
Berkaca pada kegagalan penyerangan pertama, Mataram mulai mengantisipasi kegagalan tersebut dengan membangun lumbung-lumbung beras, baik di Karawang dan Cirebon. Namun VOC berhasil memusnahkan lumbung-lumbung itu, alhasil serangan kedua itu pun juga mengalami kegagalan.
Namun siasat Sultan Agung kemudian tergolong cerdik. Dia membendung dan mengotori Sungai Ciliwung yang menjadi sumber air utama VOC. Alhasil dari sanalah wabah kolera muncul hingga menewaskan banyak orang VOC, termasuk di antaranya Jenderal JP Coen yang juga meninggal dunia.