Semasa hidupnya, Pendeta SAE Nababan juga aktif terlibat dalam organisasi gereja di tingkat dunia. Dia pernah menjabat sebagai Sekretaris Pemuda Dewan Gereja-gereja Asia pada 1963-1967 dan Presiden Pemuda Dewan Gereja-gereja Asia pada 1990-1995.
Selain itu, Wakil Ketua dari Komite Sentral Dewan Gereja-gereja se-Dunia (1983-1998), Wakil Presiden Federasi Lutheran se-Dunia dan anggota Komite Eksekutif Federasi Lutheran se-Dunia.
SAE Nababan juga menjadi Ketua pertama dari Vereinte Evangelische Mission (United Evangelical Mission), yakni lembaga misi internasional yang terdiri atas 34 gereja. Anggotanya tersebar di Afrika, Asia, dan Jerman.
Dalam Sidang Raya ke-9 Dewan Gereja-gereja se-Dunia beranggotakan gereja-gereja Protestan dan Ortodoks di Porto Alegre, Brasil pada tahun 2006, SAE Nababan terpilih menjadi salah seorang presiden.