Pada Minggu, 8 September 2013, Kapal Feri Tao Toba I yang berangkat dari Pelabuhan Tomok, Kabupaten Samosir, menuju Pelabuhan Ajibata, Kabupaten Toba Samosir, menabrak bagian belakang Kapal Motor Yola di perairan Danau Toba. Akibatnya, Kapal Motor (KM) Yola berpenumpang 85 orang oleng.
Insiden terjadi saat Pesta Danau Toba, sekitar pukul 11.00 WIB. Dalam kecelakaan kapal tersebut, sebanyak 81 penumpang selamat dan belasan di antaranya luka-luka. Sementara empat orang penumpang dinyatakan hilang.
6.Speedboat Tabrak Kapal Kayu
Kecelakaan kapal di Danau Toba juga pernah terjadi pada Sabtu, 7 Mei 2016. Speedboat menabrak kapal kayu di perairan Ajibata Parapat, Danau Toba, Kabupaten Simalungun Sabtu siang. Kecelakaan itu membuat puluhan penumpang di kedua kapal terlempar ke danau, masing-masing 11 penumpang kapal kayu atau solu dan 11 penumpang speedboat.
Tidak ada korban jiwa dalam kecelakaan tersebut, namun sejumlah penumpang terluka karena terlempar ke danau. Tiga di antara luka parah, termasuk satu penumpang, dan nakhoda kapal solu serta speedboat.
Kecelakaan diduga terjadi karena speedboat melaju dengan kecepatan tinggi di kawasan Ajibata dan menabrak kapal kayu yang datang dari arah Lontung, Kabupaten Samosir. Akibatnya para penumpang di kedua kapal pun terpental dan terlempar ke danau. Sementara kondisi kedua kapal juga rusak.
7.Kapal Motor Sinar Bangun
Tragedi KM Sinar Bangun menimbulkan dukacita mendalam, terutama warga Sumatera Utara (Sumut) saat ini. Kapal yang diduga kelebihan muatan, tenggelam antara Kecamatan Simanindo, Kabupaten Samosir, dengan Desa Tigaras, Kecamatan Dolok Pardamean, Kabupaten Simalungun, Senin (18/6/2018) sekitar pukul 17.30 WIB. Saat itu, kawasan Danau Toba dilanda cuaca buruk.
Hingga hari ketiga pencarian, Rabu (20/6/2018) petugas gabungan dari Basarnas, TNI/Polri dan sejumlah relawan telah mengevakuasi 22 korban. Sebanyak 18 ditemukan dalam kondisi selamat dan 4 meninggal dunia. Sementara ratusan korban lain hingga kini masih hilang. Keluarga korban masih menantikan perkembangan pencarian yang dilakukan tim gabungan.
Kepala Badan Search and Rescue Nasional (Basarnas) Muhammad Syaugi mengatakan, berdasarkan laporan Posko Pelabuhan Tiga Ras sampai Rabu siang, ada 192 laporan orang hilang yang masuk. Namun, laporan ini belum tentu seluruhnya merupakan korban dari kecelakaan tersebut.
Basarnas telah mengerahkan 70 personel, termasuk yang bisa menyelam hingga 300 meter. Namun, pencarian mengalami kesulitan karena titik perkiraan kecelakaan memiliki kedalaman hingga 50 meter. Pencarian hari pertama juga sempat dihentikan karena terkendala cuaca buruk.