Perlahan-lahan Belanda menyusup dan melakukan penyerangan hingga pada tahun 1837 Benteng pertahanan Tuanku Imam Bonjol dapat dikuasai Belanda. Bahkan Tuanku Imam Bonjol berhasil ditipu dan ditangkap. Kemudian beliau diasingkan ke Cianjur, Ambon, lalu Minahasa hingga wafat di sana.
Peperangan berlanjut sampai akhirnya benteng terakhir Kaum Padri di Dalu-Dalu (Rokan Hulu) yang dipimpin oleh Tuanku Tambusai jatuh ke tangan Belanda pada tanggal 28 Desember 1838.
Perang Padri pun dianggap selesai dengan kemenangan jatuh ke pihak Kolonial Belanda, sementara Tuanku Tambusai bersama sisa-sisa pengikutnya terpaksa pindah ke Negeri Sembilan di Semenanjung Malaya. Kerajaan Pagaruyung akhirnya menjadi bagian Pax Netherlandica di bawah kendali Hindia Belanda.
Perang Padri yang berlangsung sekitar 20 tahun pertama perang yaitu tahun 1803 hingga tahun 1821 banyak memakan korban dari sesama Kaum Padri dan Kaum Adat yaitu orang Minangkabau dan Batak Mandailing.
Dampak yang langsung dirasakan setelah Perang Padri adalah jatuhnya Kerajaan Pagaruyung atau wilayah Sumatera Barat ke tangan Kolonial Belanda.