Perbedaan terlihat pada warna kelopak (perigon), Rafflesia arnoldii lebih ke oranye sedangkan spesies tuan-mudae ke arah merah maron.
Lalu, perbedaannya juga dapat dilihat dari pola putih atau bercak pada kelopak.
"Arnoldi bercaknya ganda yakni besar dan kecil, sementara tuan-mudae tunggal," katanya.
Kemudian bercak pada arnoldi juga lebih besar dan jarak antara satu bercak dan yang lainnya juga agak berjauhan jika dibandingkan dengan jenis tuan-mudae.
Bunga Rafflesia merupakan jenis tumbuhan yang dilindungi Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1990 tentang Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistemnya, sehingga keberadaannya terus dipantau dan dijaga untuk tetap lestari.