Untuk pengelolaan limbah infeksius merupakan hal penting yang harus diperhatikan karena jika tidak dikelola dengan baik dan sesuai aturan, akan menimbulkan dampak yang berbahaya, apalagi virus corona dapat menempel pada benda sehingga butuh penanganan yang serius dalam pengolahannya.
Dalam surat edaran Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No.2/2020 tentang Pengelolaan Limbah Infeksius (Limbah B3) dan Sampah Rumah Tangga dari Penanganan Covid-19 menyebutkan penyimpanan limbah infeksius dalam kemasan tertutup paling lama dua hari sejak dihasilkan.
Pemusnahan limbah medis ini dilaksanakan di fasilitas insinerator dengan suhu pembakaran minimal 800 derajat celcius atau menggunakan autoclave atau alat sterilisasi yang dilengkapi dengan pencacah.
Residu hasil pembakaran atau cacahan hasil autoclave dikemas dan dilengkapi simbol infeksius dan label Limbah B3 dan selanjutnya disimpan di Tempat Penyimpanan Sementara Limbah B3 yang selanjutnya diserahkan kepada pengelola limbah B3.