Selama meniti kariernya di militer, Rui pernah menduduki berbagai posisi strategis di antaranya sebagai Komandan Kompi Batalyon 11 Grup 1 Kopassus.
Karier militernya pun semakin bersinar. Rui pernah dipercaya masuk dalam Tim Kajian Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) 2018—2020.
Bahkan, keberhasilan Rui menapaki karier di TNI mendapat apresiasi dari mantan Kepala Staf Umum (Kasum) TNI Letjen (Purn) Johannes Suryo Prabowo.
”Rui Fernando merupakan prajurit Kopassus putra pejuang Timor Timur, (alm) Jose Manuel Duarte, salah satu pemimpin pemberontakan terhadap pemerintah Portugas di Viqueque, Timor Portugal pada 1959," ujarnya dalam akun Instagram @Suryoprabowo2011.
"Jose Manuel bersama seluruh keluarganya dibuang ke Mozambique, negara jajahan Portugis di Afrika dan baru kembali ke Timor Timur pada 1986,” tulisnya dikutip iNews, Senin (13/6/2022).