Bersama virolog Francoise Barre-Sinoussi, Montagnier dianugerahi Hadiah Nobel Kedokteran atas penemuan tersebut.
Selain itu Montagnier juga salah satu pendiri Yayasan Dunia untuk Penelitian dan Pencegahan AIDS serta ikut mengarahkan Program untuk Kolaborasi Virus Internasional.
Dia juga menerima lebih dari 20 penghargaan dan gelar kehormatan, termasuk diangkat menjadi Perwira Besar di Legiun Kehormatan Prancis, penghargaan militer atau sipil tertinggi negara itu.