Bangunan Masjid Agung Al-Falah Kiai Mojo dulunya masih berbentuk musala sederhana dengan dinding terbuat dari bambu dan beratap rumbia. Kini bangunan masjid telah berganti menjadi dinding beton serta mengalami beberapa kali pemugaran.
Yang pertama dilakukan pada 1864, dipimpin Raden Syarif Abdullah bin Umar Assegaf yang dibuang Belanda ke Kampung Jaton bersama rombongannya pada tahun 1860.
Selanjutnya Masjid Agung Al-Falah Kiai Mojo mengalami beberapa kali pemugaran yang membuat penampilan masjid menjadi elok. Bukan hanya penampilan luarnya namun juga bagian dalam. Masjid Agung Al-Falah Kiai Mojo bergaya Joglo dengan atap limasan tumpang menyerupai bentuk bangunan Masjid Agung Demak di Jawa Tengah.
Meski telah mengalami beberapa kali pemugaran, namun ada beberapa bagian dalam Masjid yang masih asli. Seperti empat sokoguru atau tiang penyangga setinggi 18 meter yang masih asli, dinding sebelah barat, mimbar, bedug dan kentongan. Selain itu masih ada juga barang-barang peninggalan lainnya yang tersimpan di gudang.
"Mimbar ini masih asli peninggalan Kiai Mojo dan pengikutnya. Terbuat dari kayu berukir halus bertuliskan ayat-ayat Alquran. Di bagian depan ada ukiran kaligrafi rukun Iman dan rukun Islam, di bagian samping ada ukiran ayat Alquran pahatan ukiran kaligrafi. Ini dibuat Mbah Koesasie, pengikut dari Kiai Mojo," kata Sekretaris Dewan Masjid Indonesia Kabupaten Minahasa tersebut.
Bagian dalam atap Masjid Agung Al-Falah Kiai Mojo sepenuhnya terbuat dari kayu yang ditata dengan rapi dan sangat artistik. Ukiran halus bercita rasa tinggi ditoreh di kayu bersilang lengkung yang berada di bagian pusat juga masih asli peninggalan dari bangunan lama.
Masjid Agung Al-Falah Kiai Mojo berdiri dengan anggun di perkampungan Jawa Tondano yang mayoritas penduduknya beragama Islam. Mereka hidup tentram dan damai di tengah permukiman masyarakat Minahasa di sekitarnya yang mayoritas beragama Kristen.