Selain sebagai tempat bersejarah masuknya agama Islam pertama kali di Kota Manado, Masjid ini juga tidak lepas dari sejarah Kesultanan Yogyakarta.
Di kawasan Masjid Al Muttaqin dahulu disebut Pondol Raden Mas yang diyakini merupakan tempat tinggal dari Pangeran Arya Suryeng Ngalaga, Putra Sultan Hamengku Buwono V dari istrinya Kanjeng Ratu Sekar Kedaton.
Kanjeng Ratu Sekar Kedaton dituduh membangkang dan akan melakukan perlawanan terhadap raja dan istana sehingga bersama anaknya dibuang ke Manado sekitar tahun 1855.
Di Manado, Kanjeng Ratu Sekar Kedaton dan putranya bersama para pengikutnya menetap di Kampung Pondol. Pada waktu itu Pondol terbagi dua, Pondol Keraton dan Pondol Raden Mas.