Namun, Moeldoko tidak memungkiri ada dinamika yang berkembang di Papua menyusul serangan kelompok bersenjata yang menargetkan fasilitas umum seperti sekolah bahkan serangan terhadap guru dan para dokter.
Moeldoko mengatakan, dinamika itu tidak bisa diabaikan. Meskipun demikian, dia menegaskan, pengerahan tentara ke Papua ditujukan untuk membantu pihak polisi, bukan untuk tujuan operasi militer.
Mantan panglima TNI yang pernah menjadi komandan satuan-satuan teritorial itu juga menegaskan, para tentara yang dikerahkan ke Papua juga ditujukan untuk pengamanan perbatasan; hal ini sesuai dengan amanat UU Nomor 34/2004 tentang TNI.
"Sewaktu saya masih menjabat sebagai panglima TNI, doktrin saya kepada prajurit saya adalah bahwa tentara yang akan berangkat ke Papua harus menaruh cangkul di depan, senjata dikalungkan belakang. Itu artinya pendekatan kesejahteraan adalah nomor satu," kata dia.
Makna doktrin itu adalah kedatangan prajurit ke Papua harus bisa mengubah situasi sulit jadi mudah, dan kondisi miskin menjadi sejahtera. Para tentara juga diharapkan dapat memberikan pembelajaran dan menyalurkan bantuan kesehatan bagi warga Papua.