Nantinya, Provinsi Papua Barat Daya akan dipimpin oleh penjabat (PJ) Gubernur dan Wakil Gubernur. Hal ini dilakukan sebelum Gubernur dan Wakil Gubernur definitif terpilih dalam Pilkada 2024 mendatang.
Menteri Dalam negeri (Mendagri) Tito Karnavian mengatakan, PJ Gubernur Papua Barat Daya akan dilantik pada minggu depan.
"Ini tanggal berapa? 17. Kemungkinan minggu depan sudah ada sidang PPA penjabat gubernurnya," kata Tito, Kamis (17/11/2022).
Selain itu, sebagai daerah otonomi khusus sama seperti Provinsi Papua lainnya, Papua Barat Daya juga akan memiliki Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dan Majelis Rakyat Papua (MRP) sendiri.
Anggota DPR Papua Barat Daya pertama kali ditetapkan berdasarkan hasil Pemilu 2024.