Bagi prajurit Korpaskhas yang tengah mengendalikan dan mengoperasikan Bandara Komoro, tindakan pasukan Interfet dinilai berlebihan. Prajurit Paskhas pun terheran-heran melihat aksi tentaran Australia.
Melihat situasi yang semakin tegang, 80 prajurit Korpaskhas sudah bersiap mengokang senjata. Mereka berjaga-jaga jika terjadi konflik dengan Interfet, termasuk dengan pasukan Gurkha yang tergabung di dalamnya.
Pasukan Interfet akhirnya mengetahui kondisi bandara aman-aman saja dan tidak ada milisi bersenjata. Mereka baru menyadari jika informasi intelijen mengenai kondisi Timtim sudah dikuasai milisi bersenjata tidak benar.
Ketegangan kembali terjadi ketika Pangkoopsau II Marsda TNI Ian Santosa tiba di Bandara Komoro pada 20 September 1999. Saat turun dari pesawat C-130 Hercules TNI AU, dia dikawal sejumlah pasukan Paskhas bersenjata lengkap. Tiba-tiba, pasukan Interfet langsung menodongkan senjata kepada rombongan Marsda TNI Ian Santosa yang mereka anggap sebagai ancaman.
Padahal, Marsda TNI Ian Santosa datang untuk berkoordinasi dengan Komandan Interfet Mayjen Peter Cosgrove. Sontak, prajurit Paskhas langsung bereaksi keras dan murka melihat aksi tentara Australia.