Dengan kesigapan dan pantang menyerah, Benny dan pasukannya memukul mundur dua perahu motor tersebut. Namun dua anggota Kopral Emin dan Prada Hardjito gugur saat terjadi kontak senjata.
Sahabat dekat Benny Moerdani, Agus Hernoto, bahkan harus kehilangan kedua kakinya dalam operasi pembebasan tersebut. Agus mengalami cacat seumur hidup setelah kakinya diamputasi karena luka tembak.
Pertempuran demi pertempuran terus terjadi antara Pasukan Naga dengan tentara Belanda di belantara hutan Papua. Belanda ketika itu sempat mengumumkan untuk menangkap Kapten Benny Moerdani hidup atau mati dengan hadiah 500 gulden.
"Yang dipakai Benny strategi kucing. Kalau bertemu ya bertempur. Kalau tidak ya kucing-kucingan. Tujuan kami sebagai umpan supaya Belanda memecah konsentrasi pasukannya yang di Biak dan terbukti berhasil," kata Ben Mboi.
Operasi Naga berakhir dengan ditandai New York Agreement pada 15 Agustus 1962. Amerika Serikat memaksa Belanda menyerahkan Irian Barat ke Indonesia. Belanda menyerah karena menyadari tidak akan menang berperang melawan Indonesia.
Dari seluruh pasukan Naga yang diterjunkan, Kopassus mencatat delapan prajuritnya gugur karena jatuh di rawa, seorang terbunuh penduduk setempat, seorang gugur karena sakit serta tujuh lainnya hilang.
Sementara Ben Mboi menyebut, korban gugur Operasi Naga tercatat sebanyak 36 prajurit dan 20 orang hilang.