Pada 1999 Habibie mengumumkan Timor Timur, bekas jajahan Portugis yang telah direbut oleh Indonesia pada 1975, dapat memilih antara otonomi khusus dan kemerdekaan. Akhirnya wilayah itu memilih merdeka dan membebaskan diri dari Indonesia.
Lepasnya wilayah Timor Timur dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) menjadi salah satu alasan BJ Habibie lengser dari kursi pemerintahan.