BJ Habibie juga dikenal sebagai Bapak Pesawat Nasional karena semasa mudanya senang sekali memahami serba-serbi mesin pesawat. Dia bahkan sampai memiliki rumus “Faktor Habibie” untuk menghitung keretakan atau crack propogation on random sampai ke atom-atom pesawat terbang. Dari kehebatan rumusnya, dia juga dijuluki sebagai “Mr Crack”.
Di Jerman BJ Habibie memang terkenal sangat hebat, namun dia tetap mau melayani Indonesia dan memenuhi permintaan Soeharto untuk mengabdikan ilmunya di Tanah Air.
Pada 2015, dia juga memperkenalkan rancangan pesawat baru yang digarap oleh perusahaan yang didirikannya bernama R80. Pesawat itu memiliki kelebihan tersendiri pada baling-balingnya dan bisa memuat kapasitas hingga 80-90 orang.
Pada akhir 1990-an, Habibie dipandang sebagai salah satu dari beberapa calon pengganti Suharto.
Pada Maret 1998, Soeharto mengangkat Habibie sebagai wakil presiden, dan dua bulan kemudian, setelah terjadinya bentrokan serta aksi massa berskala besar di Jakarta, Soeharto mengumumkan pengunduran dirinya. BJ Habibie yang saat itu didorong untuk menjadi pemimpin nomor satu pengganti Soeharto, mulai menerapkan reformasi besar.
Dia menunjuk kabinet baru dan melakukan beberapa langkah strategis, seperti memecat putri sulung Soeharto dari jabatan menteri urusan sosial serta teman lamanya sebagai menteri perdagangan dan industri, hingga menunjuk sebuah komite untuk menyusun undang-undang politik yang tidak terlalu membatasi.
BJ Habibie juga mengizinkan kebebasan pers, pengaturan terhadap pemilihan parlemen dan presiden secara bebas di tahun berikutnya, menyetujui batas masa jabatan presiden (dua masa jabatan lima tahun), serta memberikan amnesti kepada lebih dari 100 tahanan politik.